Одним из важных структурных подразделений учреждения является аптека, оснащенная современным оборудованием и мебелью.
Аптека ГорКВД имеет лицензию на фармацевтическую деятельность (изготовление лекарственных средств для медицинского применения, отпуск изготовление лекарственных средств для медицинского применения, хранение изготовление лекарственных средств для медицинского применения) и по числу обслуживаемых коек относится ко 2-ой группе (до 400 коек).
В штате аптеки: заведующий аптеки — провизор; провизор-технолог, 2 фармацевта.
Основными задачами подразделения, являются приготовление, контроль и отпуск лекарственных средств, так же обеспечение медицинскими изделиями аптечного ассортимента отделений учреждения.
Ассортимент больничной аптеки составляет около 350 наименований лекарственных средств и медицинских изделий. Производственный отдел аптеки ГорКВД производит около 20 наименований мазей для наружного применения, различные взвези, присыпки, пасты, растворы.